الجهاز السرى للجماعة يعمل بعدة إتجاهات، فهناك جماعات تقوم بجمع المعلومات عن القوى السياسية والنشطاء الثوريين، وارسال صورهم الى مكتب الارشاد، وهناك مجموعات تعمل على الاختراق والانضمام لصفوف مناهضى الاخوان، ومعرفة نشاطهم الالكترونى، وهناك مجموعات صغيرة مغلقة تنفذ مهام خاصة بناء على مايرد لهم من معلومات عن طريق جهاز الطلاب الذى يشرف عليه الاعضاء ايمن عبد الغنى واحمد عبد العاطى بالاسكندرية.
الجهاز يشرف علي عمل لجنة الخطة بالجماعة ، والتى تضم "خالد عيد" ، وبرئاسة محى حامد، ومن أهم التقارير الذى رفعها الجهاز السرى للجماعة ، ومكتب الارشاد.
أنه فى يوم 8 فبراير 2013، قام أحمد غبد الغنى مسئول الجماعة السرى بالاسكندرية بارسال قائمة ما أطلق عليهم البلطجية ، وقام سيارات وعناوين رجال أعمال وكتب إشارة داخل التقرير بضرورة إتخاذ الاجراءات اللازمة تجاههم وبأقصى سرعة.
وفى 9 نوفمبر ارسل تقريرا بصورة الناشط محمد أبو حامد " وجاء بها أنه قام بالسفر إلى بيروت وقابل "سمير جعجع" بهدف تكوين ميليشيات مسلحة من المعارضين للاخوان، بالاضافة الى تسفيره بعض الشبابا للتدريب فى لبنان .
وفى 10 نوفمبر قام مكتب الارشاد برفع توصيه الى مكتب الرئاسه يطالب فيه بضرورة إقالة محافظ بورسعيد لتهدئة الاوضاع.
وفى 11 نوفمبر ارسل الجهاز وثيقة لمكتب ارشاد نصها كتالى:- ضرورة العمل على تفكيك كتل وبؤر البلطجة "المعارضين" للاخوان والمنتشرين فى كافة انحاء الجمهورية بكل قوة وينغبى علينا أن نعمل تحديدها ، وتحديد المفاتيح الرئيسيه لها، وإرسال رسائل اما لتهديدها او تحييدها.
وفى 12 نوفمبر ارسل الجهاز تقرير لمكتب الارشاد يفيد عدم ثقتتهم فى جهاز الشرطة لانه - حسب النص- يحمل عقيدة مضادة لهم وبه سلبيات كثيرة مؤكدين إنهم لن يتوقفوا عن محاربتها وإعادة هيكلتها.
وفى 13 نوفمبر ارسل سامى فرج ، وعبد الغنى حلمي اعضاء الجهاز السرى للجماعة تقريرا فى منتهى الخطورة يكشف أسماء المسئولين عن أحداث بورسعيد التى نشبت عقب الحكم على المتهمين فى قضية مقتل مشجعى الاهلى فى القضية المعروفة إعلاميا بـ "مجزرة بورسعيد"، وهم عبوده السحراوى وتربطه علاقة بحزب الله فى لبنان، ومحمد حسن هلهول، والعربى الجداوى، و أكرم الشاعر، وسامح الجداوى ، وأكد التقرير أنهم المسئولين عن تشكيل مسلح فى بورسعيد، ويقيمون تحديد فى شقة 3 عمارة 20 فى المنطقة الثالثة ببورسعيد.
وفى اخر تقرير رفعه الجهاز السرى للجماعة لمكتب الارشاد قرر أن يجتمع 60 فرد من كل محافظة من الاخوان وذلك مساء كل خميس يسبق الاعلان عن اى مليونية فى مسجد الفتح بمدينة نصر وذلك إنتظارا لما تسفر عنه أحداث اليوم التالى والاولوية القصوى لهذا الاجتماع حماية قصر الاتحادية فى حالة إقتحامة.
